设有卫所。
    卫所乃是大秦军队之基，立国之初，一州设三卫，而每一卫之下则是设五个千户所，每千户所一千一百人，卫设卫都统，千户所设千户长，下有百户长，三卫则由各州的卫制侯辖制，卫制侯只是各州最高军事长官的名称，并非爵位，而各州卫制侯的顶头上司，便是各道负责军务的指挥使。
    大秦十六道，各道最高长官是总督，但是总督只能管各道政务，却不能直接插手军务，而指挥使则只能掌管军务，却不能插手政务，名义上总督是各州最高长官，但实际上只是政务长官，所能调动的也只是编制限定在五千人的总督禁卫军，并不能直接对指挥使和卫所军下达命令。
    只不过指挥使虽然是各道军务最高长官，掌管着各道的卫所军，但是若没有枢密院的调令，那么五百人以上的兵力，指挥使便无法调动，而且指挥使虽然可以对部下进行调动，但是却无权对百户长以上的官位进行升降，卫所军的卫制侯、卫都统、千户长甚至是百户长，那都是由兵部做出任免，只会是有权上折子弹劾举荐，却无权利做出实际升迁，只不能对最底层的小校做出任免罢了。
    而大秦卫所军属于各道各州的常备军，这些军士的出处，便是大秦军户，那是兵部有册子登记，几乎每一个村子都会
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