书院的宗旨是：正本清源，使天下读书人信奉程朱理学，不为异端邪说所迷惑。
    至于东林书院的日常功课以及他们的议论焦点，并不是时政，而是学术，这一点在东林会约中有明确规定：
    “每会推一人为主，主说四书一章，此外有问则问，有商量则商量。凡在会中，各虚怀以听，即有所见，须俟两下讲论完毕，更端呈请，不必搀乱。”
    显然，他们聚在一起，主要是读四书，交流自己的学习体会。在为弟弟顾允成写的小传中，顾宪成也提到东林书院的日常活动：
    “每岁一大会，每月一小会，弟进而讲于堂，持论侃侃，远必称孔孟，近必称周程，有新奇险怪之说者，辄愀然改容，辞而却之。”
    由此可见，备受后人瞩目的东林讲会，并不像某些人想象的那样群情激昂地抨击时政，而是在一起研讨四书，从孔孟一直谈到程朱。顾宪成去世后，主持书院的高攀龙、吴觐华继续坚持这一原则，再三强调：“东林之教原本程朱，以穷理致知”。
    至于个中的缘由，不言自明。原来，顾宪成等人下野后，对于权力场上的纷争早已厌倦，所以，在回乡后，他们以创办东林书院来寄托心志，只谈学问、莫谈国事似乎已经成为他们的行为准则。万历三
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