大学士李廷机指使工部郎中邵辅忠出面弹劾李三才，无中生有地给李三才勾画出一副“贪官”的嘴脸，并将这个问题“上纲上线”：
    “一时只知有三才，不知有陛下，主上势孤，党与日甚。”
    同时，御史徐兆魁也跳出来，在“结党营私”的问题上大做文章，“含沙射影”地指出：李三才背后有一个“党”，而且这个“党”就是“藉道学为名”的东林书院。
    这么一来，早已退出江湖的顾宪成不得不出面为李三才辩白。为此，他曾给内阁首辅叶向高、吏部尚书孙丕扬写信：“三才至廉至淡漠，勤学力行，为古淳儒，当行勘以服诸臣心”，希望他们能够查明真相，秉公处理。不料，这些信件竟然被一些别有用心的人刊载在邸报上，引发了一场轩然大波。那些反对派以为抓住了“把柄”，纷纷攻击东林书院“遥执朝政”。
    这真是大大出乎顾宪成的意料他之所以写这些信，只是出于与李三才的深厚友情，不愿看到挚友落难，并没有别的意思。顾宪成大概是在“桃花源”里生活得太久了，实在是书生气太足了。过去，在权力场上，他就是特立独行；如今，他已经是一个在野人士了，依然对政治的险恶估计不足，导致事态越来越大，对李三才和东林书院的攻击也越来越升
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